从微观上看，水是由一个氧原子和二个氢原子组成，三者形成一个等腰三角形，由于二个氢原子和氧原子的位置不是完全对称，再加上氧原子对电子的吸引力比氢原子大得多，电子就有在氧原子周围相对集中的趋势，形成较为浓厚的电子云，在氧原子一端显示出较强的负电荷作用，形成负极，同时，在氢原子一端形成正极，因此从微观上看，单个的水分子是有极性的，我们称之为偶极性。正是因为水的偶极性而使单个水分子具有较强的亲和力，日常生活中用水来溶解盐、糖，用水去洗涤，就是应用了水的偶极性作用。但在常温状态下的水中，并不全是单个的水分子，因为带负电荷的氧端和带正电荷的氢端会相互吸引形成“氢键”，使单个水分子结合形成缔合链状大分子。水的这种链状大分子结构在水的物理化学性状稳定性中起到了重要的作用，但同时也对单个水分子的亲和力产生了抑制作用。 电子水处理器就是通过改变水的一些物理性状，使其作用于成垢离子和生锈因素，并且杀灭菌藻，从而起到明显的除垢、防垢、杀菌、灭藻、阻锈和防腐作用。除垢、防垢原理 　　在吸收高频电磁能量后，水分子结构由原缔合链状大分子断裂成单个水分子，水中的盐类正负离子(垢离子)被单个水分子包围，运动速度降低，有效碰撞次数减少，静电吸引力下降，水中的盐类正负离子在电磁场的作用下亲和力大为减弱并趋于分散，从而使水中的钙镁离子无法与碳酸根合成碳酸钙和碳酸镁，有效防止水垢生成而达到防垢效果。 　　在高频电磁场的作用下，由于水的偶极子偶极距增大，增强了盐类正负离子与水的亲合力，提高了原先管壁水垢的溶解速率。在这样的综合作用下，新的水垢不易生成，老的水垢逐渐溶解、脱落，达到了有效除垢的效果。杀菌、灭藻原理 　　微生物一般只能适应地球表面的弱电场强度，电子水处理器能在水中产生高频交变电磁涡流，而且大大改变水中的电场强度，破坏了菌藻生存的生态环境，从而抑制并杀死菌藻；同时，电子激励后的水分子能将水中溶存氧包围封锁，切断了菌藻所需的氧来源，从而达到杀菌、灭藻效果。阻锈、防腐原理 　　水受高频电磁能量的作用后，单个水分子包容了溶解在水中的氧分子，使溶解氧变为惰性氧，封断了金属锈蚀所需氧的来源，同时，高频电磁波激起的悬垂复合调制频率的电磁场所产生“集肤效应”在管壁上聚集了过剩的负电荷，而在水内部聚集了过剩的正电荷，使水分子带有很强的还原作用，把红锈(Fe2O3)还原成具有很强耐腐蚀力的黑锈外膜(Fe3O4)，从而达到了阻锈、防腐的效果。